Esta cirugía, como cualquier cirugía, puede implicar riesgos de resultados fallidos, complicaciones o lesiones por causas conocidas e imprevistas. Debido a que las personas difieren en su respuesta a la cirugía, sus reacciones anestésicas y sus resultados de curación, en última instancia, no se puede garantizar los resultados o las posibles complicaciones.

Las siguientes complicaciones han sido reportadas en la literatura médica. Esta lista no pretende incluir todas las posibles complicaciones. Aunque muchas de estas complicaciones son raras, todas han ocurrido en un momento u otro en manos de cirujanos experimentados que practican el estándar de atención comunitaria.

1. Obstrucción nasal debido a la falta de enderezamiento del tabique o posterior desviación del tabique, colapso del cartílago nasal o crecimiento nuevo o hinchazón de los cornetes.
2. Falta de resolución de infecciones sinusales coexistentes, o recurrencia de problemas y/o pólipos sinusales coexistentes, o la necesidad de una cirugía adicional o más agresiva.
3. En raras situaciones, el sangrado puede llevar a la necesidad de hemoderivados o una transfusión de sangre. La sangre autóloga (autodonada) o de un donante designado se puede coordinar con anticipación en caso de que sea necesaria una transfusión de emergencia.
4. Drenaje nasal crónico o sequedad excesiva o formación de costras en la nariz o los senos paranasales.
5. Necesidad de evaluación de alergias, tratamientos o controles ambientales. La cirugía no es una cura ni un sustituto de un buen control o tratamiento de la alergia.
6. Un resultado cosmético que no cumple con las expectativas; posible necesidad de cirugía de revisión.
7. Incapacidad para resolver los dolores de cabeza "sinusales o nasales" asociados. La causa exacta de los dolores de cabeza puede ser difícil de determinar o deberse a muchas causas diferentes. Puede ser necesaria una consulta con otro especialista, como un neurólogo.
8. Daño al ojo y estructuras asociadas (raro).
9. Entumecimiento permanente de los dientes superiores, el paladar o la cara.
10. Dolor prolongado, deterioro de la cicatrización y necesidad de hospitalización.
11. Perforación septal (un orificio permanente dentro de la nariz entre los dos lados).
12. Falta de restauración o empeoramiento del sentido del olfato o del gusto, o falta de alivio de las hemorragias nasales.